Mac OS X installers hebben een ingebouwde 'Disk Doctor' die na elke installatie of update van het OS de schijf automatisch defragmenteert dus daar kan het niet aan liggen.
Ik installeerde El Capitan over Snow Leopard.. daar zitten een aantal versies tussen.
Ik denk dat het daar door komt. De structuren verschillen zo enorm van elkaar.
Hij werd in elk geval oertraag, kenkelang opstarten en beachballs all over the place.
En na een clean install met migratie werd het allemaal weer super snappy.
Het was overigens op mijn oude Mac Pro 1.1 die ik nu niet meer heb.
Wellicht dat je op nieuwere/snellere Macs het verschil minder merkt maar die Migration Asistant zit er niet voor niets bij en Apple adviseert ook om op die manier je OS te updaten
dussss